Ngày 3 tháng 7 năm 2016, Thomas Meunier đồng ý gia nhập Paris Saint-Germain cho một hợp đồng bốn năm như Serge Aurier.[8]. Anh đã tham dự trận đấu chính thức đầu tiên với Paris vào ngày 6 tháng 8 năm 2016 với Olympique Lyonnais tại cúp quốc gia (chiến thắng 4-1), thay thế David Luiz. Anh bắt đầu trận đấu với Ligue 1 vào ngày 28 tháng 8 với AS Monaco (thất bại 3-1), một lần nữa thay cầu thủ người Brazil. Anh ghi bàn thắng đầu tiên của mình trong ngày đầu tiên của tháng 11 năm 2016 và cung cấp các chiến thắng. Anh cũng có đường chuyền quyết định vào ngày 27 tháng 11, đưa ra bóng để Edinson Cavani ghi bàn vào lưới Lyon (chiến thắng 1-2). Vào ngày 14 tháng 2, trong một chiến thắng lớn tại UEFA Champions League 2016-2017 với FC Barcelona 4-0, anh đã có một bàn thắng quyết định cho Cavani với bàn thắng thứ tư tại Paris.

Anh ghi bàn thắng giải đấu đầu tiên của mình vào lưới Lorient tại 19 ngày bằng kỹ thuật tiền đạo của mình. Sau một chuỗi, kiểm soát, solo vượt qua Waris, đệm lót ngực, anh kết thúc bằng một cú sút ở vị trí xa để mở tỉ số (kết quả cuối cùng 5-0). Anh đã hoàn thành trận lượt đi với 12 lần ra sân, trong đó có 8 lần đá banh. Thoải mái về mặt kỹ thuật, anh cũng phối hợp tốt với Lucas, không ngần ngại đưa ra các giải pháp táo bạo trong trận đấu[9].[10].

Thomas Meunier mất vị trí của hậu vệ cánh phải bởi Dani Alves, người có kinh nghiệm đến từ Juventus (chơi chung kết trong trận chung kết của Champions League với Real Madrid vào năm 2017) trong kỳ chuyển nhượng mùa hè của câu lạc bộ.

Tuy nhiên, cầu thủ Bỉ chơi khá tốt khi anh thi đấu tại Ligue 1.

Trận đấu đầu tiên của câu lạc bộ Paris ở cúp quốc gia 2017-2018 ở vòng thứ tư, anh cung cấp một đường chuyền quyết định để Dani Alves và Julian Draxler cho một chiến thắng 2-4 trước Strasbourg đến sân vận động Meinau, nơi PSG cúi mười một ngày trước đó (2-1) trong các giải đấu trong suốt 16 tháng.